「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年。メンバーも増え、少数精鋭ではなくなった新生公安9課。素子の失踪や9課の変化と共に旧9課のメンバーもそれぞれ少しずつ変わっていっていた。そんな中、シアク共和国残党によるテロ計画が判明。義体化し…